På huvudkontoret i Stockholm sitter Ship Management, avdelningen som sköter underhåll och daglig drift av fartygen. Avdelningen består bland annat av ett antal inspektörer som fungerar som fartygens kontaktpersoner i land, de planerar till exempel kommande dockningar. På Ship Management finns även en Safety Manager, flera inköpare och försäkringsavdelning.
På Wallenius tekniska avdelning arbetar skeppsbyggare, lastlådespecialister, specialister på hydrodynamik, skrovdesign och färg samt specialister på kontroll- och navigationsutrustning. Tillsammans utvecklar de morgondagens fartyg. Specialisterna fungerar också som tekniska konsulter till våra partners och dotterbolag i arbetet med vidareutveckling av deras fartygsflottor.
Wallenius har under många år betraktats som en av pionjärerna inom marin teknisk utveckling. Wallenius Marine ansvarar för bemanning, drift och teknik- och miljömässig vidareutveckling av Walleniusflottan samt för EUKOR Car Carriers och United European Car Carriers i deras omfattande ny- och ombyggnadsprogram.
Wallenius Marines högsta prioritet är att upprätthålla en toppmodern fartygsflotta med högsta kvalitets-, säkerhets- och miljöambitioner och med marknadens bästa besättningar. Därför finns självklart en miljöavdelning och en kvalitetsavdelning.
För den svenskflaggade delen av flottan sköts bemanning och drift från Stockholm, medan den Singaporeflaggade flottan bemannas och drivs av Wallenius Marines dotterbolag Wallenius Marine Singapore. En del av besättningen kommer från Filippinerna där Wallenius Marines delägda dotterbolag Swedish Crewing Management har sin verksamhet. Under 2008 har även rumänska maskinbefäl rekryterats för att komplettera den svenska och filippinska besättningen.